Synology同士をSynology Driveで同期する場合、32バージョンまで世代管理ができるということですが、バージョンの考え方としてはどのように管理されるのでしょうか？

ファイルが変更されると1バージョンとなります。バージョン管理はファイル単位で行われますので、あるファイルで32バージョン管理していても他のファイルには影響を与えず、それぞれのファイルで32バージョンの管理が可能となります。