SnapShot ReplicationでActiveDirectoryユーザではなく、SynologyNAS内のユーザの場合、複製先の共有フォルダへアクセス権を引継ぐ事は可能でしょうか？

共有フォルダへのアクセス権そのものは引き継がれますが、複製先に複製元と同一IDのユーザが存在している必要があります。
Snapshot Replicationの複製を行う前に、複製元でコンフィグレーションバックアップを実施し、複製先でローカルユーザやグループを復元すれば、同一IDのユーザが双方に存在することになります。
※手動で作成する場合、ユーザIDが異なってしまう可能性があります。
※複製元でユーザを追加した場合、再度コンフィグレーションバックアップで差分のユーザを適用する必要があります。