MigrationAssistantでデータ移行中にソースNASで、ファイル編集・ユーザー/フォルダ追加等を実施しても、移行先のNASに反映されますでしょうか？

ファイル編集・ユーザー/フォルダ追加等反映されます。マイグレーションはバックグランドで処理が行われますので、最後の切り替えを手動で行うタイミングで、ソースNASへのアクセスが出来なくなります。このタイミングで最終的な整合性チェックが行われ、完了すると移行先のNASを利用することが出来ます。