事前にActiveBackup forBusinessでシステム全体をベアメタルバックアップしていた場合、復元時にOS以外のアプリやデータを戻すことは可能でしょうか？またその際にブートメディアは必要でしょうか？

ActiveBackupforBusinessPortalという機能で必要なデータを選んで復元ができるため、復元したいデータを選択いただくことで復元先のPCに任意のデータを戻すことが可能です。
ブートメディアはOSごと復元する場合にのみ必要です。