フォルダのアクセス権について、3階層目までは一般ユーザーによるフォルダの作成を禁止させ、4階層目以降は一般ユーザーもフォルダ作成可能というような設定は可能でしょうか？

可能です。SynologyでもWindows同様の設定が可能です。
3階層目までは読み取りのみの権限、4階層目以降は書き込みも許可していただければ可能となります。
4階層目以降はプロパティからフォルダ単位・ファイル単位での設定となります。
https://www.synology.com/ja-jp/knowledgebase/DSM/help/FileStation/privilege