Universal Searchについて、全文検索なので、フォルダ・ファイル名以外でもPDF等の文書内の文字を検索することが可能な認識でしょうか？

PDFがどのように作成されたかの状態によって検索される、されないの挙動が異なります。該当のPDFのINDEXがUniversalSearchで作成されるか、お客様の環境下で確認が必要になります。