SynologyをAzure ADにドメイン参加させたいのですが、その場合、Synology側のID、パスワードは消えてしまうのでしょうか?

Synology側のローカルユーザーのID、パスワード及び設定されたグループは消える事はありません。AzureAD側でドメイン参加したユーザー・グループが追加され確認・設定できるようになります。