Synology同士をSynology Driveで同期する場合、32バージョンまで世代管理ができるということですが、修正されたデータは差分で同期するのでしょうか？

差分同期ではございません。ファイルが更新されたタイミングを1バージョンとしてバージョン管理する機能です。スケジュールを設定し定期的にバージョン保存する方式ではなく、各ファイル毎にファイルが更新される度にバージョン保存されます。