Snapshot Replicationで複製元で障害が発生し、障害復旧後に複製先よりデータの復元をかけた場合、複製元のSnapshotはそのまま残るのでしょうか？

障害状況により状況が異なります。HDDのデータが正常である本体不良などの場合は、本体修理後に元の状態に戻りますのでSnapshotデータも維持されます。
データが消えている障害の場合は、複製元のスナップショットデータは残りません。