Snapshot Replicationで拠点間でレプリケーションし、メインからサブへフェイルオーバーした場合、ルートフォルダの名称が変わることはありますか？

変わることはございません。ただし、Snapshot Replicationで複製タスクを初回に設定する際に、メイン機と同じ名称のフォルダがサブ機側にも存在している場合には、メイン機のフォルダ名の末尾に数字の付加されたフォルダがサブ機側に作成されます。