Hyper Backup機能でSynologyからSynologyへバックアップを取った際の質問です。バックアップ済みデータからSynology NASのベアメタル復旧（DSM、アプリ、データ含め丸ごとリストア）も可能でしょうか？

Hyper Backupはベアメタル復旧ではないため、DSMの復旧を含めた惨事復旧は出来ません。
復旧はDSM再インストール、Hyper Backupのインストールを行った後に、Hyper Backupのリストアウィザードより、データ、および、Hyper Backupに対応するパッケージのうち、バックアップ対象に含めて頂いているものを復旧します。