HA構成においてプライマリが故障した際に、本体もしくはHDD交換をした場合、再設定を行うにあたっての注意事項があれば教えてください。

HAに戻す前に以下の設定をする必要があります。
①データが残っていない場合：DSMのバージョンを合わせる、ホスト名及びネットワーク情報を設定する、Synology High Availabolityのインストールが必要となります。AD接続は必要ありません。
②データが残っている場合(本体交換のみの場合）：元々組み込まれていたHDDを新しい筐体に組み込みます。マイグレーションをして頂くと初期設定は必要ありません。