Cloud Syncの仕様でBox同期では、許されない文字で始まるファイルがあった場合、残りのファイルが問題無いファイル名であってもそこで同期をやめてしまうのはなぜですか？

Box側の仕様で同期が弾かれるので、同期が失敗したあとに当該のファイルをスキップし、
他のファイルを同期した後に再度同期を試みる→失敗→再試行を繰り返すという動作となります。
禁止文字を含んだファイルがあることで同期できるはずのファイルが同期されない、ということはございません。