CIFSアクセスの際、ルートフォルダに許可のないフォルダを表示させない機能はありますか？

DSM7.0以降では機能があります。コントロールパネル＞ファイルサービス＞SMBタブより、
「許可なくユーザに共有フォルダを表示しない」にチェックを入れ適用します。