Active BackupにてPCのバックアップを取得する際に、PCにUSB接続した状態の外付けHDD内のデータも併せてバックアップを取ることは可能でしょうか？

Active Backupの「タスク編集」にて「全般」タブの中のソースタイプにて「外部ハードドライブをバックアップ」にチェックマークを入れていただくことで外付けHDD分も併せてバックアップを取ることが可能です。