共有フォルダーの暗号化を行った場合は毎日マウントを行わないと共有フォルダーが見られないようですが、何か指定はありますでしょうか？

共有フォルダの暗号化に関しましては、お客様の任意設定となりますので特にSynology側での指定はございません。
但し、暗号化を行うとSynology上での動作が遅くなってしまう為、弊社では共有フォルダの暗号化は推奨しておりません。