共有を作成して、サブフォルダにユーザーのアクセス権限が無いときはフォルダを表示しないという設定をしました。一番最初に共有設定したトップフォルダを表示しますが、そこにフォルダやファイルを書き込めてしまいます。なにか回避する設定はございますか？

フォルダ作成やファイルの書き込みを禁止したい場合にはやはり権限の設定が必要です。
「トップフォルダ」とのことですので、Synologyの「共有フォルダ」を指していることかと思いますが、そのフォルダに対して「users」というグループに読み書き可能なアクセス件が設定されていると、「users」グループに属するユーザー全てが読み書きできます。
共有フォルダに対して読み書きできるユーザーを限定する場合には、「コントロールパネル」→「共有フォルダ」→「編集」→「権限」と辿って「users」グループのアクセス権を外し、各ユーザー毎に許可設定を行うか、または別途グループを作成しそのグループに読み書きのアクセス権を付与し、そのグループに読み書きを許可したいユーザーを所属させるという方法があります。