管理者が暗号化したフォルダにエンドユーザーがファイルを保存した場合、自動的にそのファイルは暗号化されますか？

自動的に暗号化されますが、以下の点にご注意ください。
暗号化は共有フォルダ単位で行いますので、保存したファイルが暗号化されるといことではありません。そのファイルも含めて共有フォルダ全体が暗号化されている状態です。この共有フォルダは、マウント・アンマウントの設定を行うことができ、マウントしている状態ではアクセス権限を与えられたユーザーがアクセス可能となりますが、共有フォルダ内からファイルをPC等に移動したところで暗号化が解除されます。