Cloud SyncでSynologyとBoxの同期をしていますが、Synologyの共有フォルダの中の不要なファイルやフォルダーを削除したのに、翌日復活したのはなぜでしょうか？

タスク設定にて「ローカルで消去したファイルは、パブリッククラウドから消去されます」にチェックをいれていただくとSynology側で変更した内容がCloudに反映されます。こちらの設定がされているかご確認ください。