MacPCを利用していますが、全ファルダに「.AppleDouble」というファイルができてしまいます。こちらのファイルを作成させないように設定することはできますか？

MacOSの仕様ですので、Synology側で作成させない設定はできません。Synologyにおいては「.AppleDouble」のファイルは必要がないので、必要がなければ消去をしてください。