下記手順にて限られたメニュー(物理SV・VM)のみbat実行する方法があります。
Active Backup for Business の物理タスクまたは VM タスクで、カスタマイズされたバッチファイルを実行できます。
1. Active Backup for Business の管理インターフェイスを開きます。
2. 新しいバックアップ タスクを選択または作成します。
3. タスク設定で「プレスクリプト実行」または「ポストスクリプト実行」を見つけます。
4. 実行するバッチ ファイルのパスを指定します。
またバッチを実行するしないに関わらず、整合性は確保されます。
Active Backup for Business は、Windows ボリューム シャドウ コピー (VSS) を使用してバックアップ中のデータ整合性を確保し、ファイルが変更されても一貫したバックアップを提供します。
https://kb.synology.com/ja-jp/DSM/help/ActiveBackup/activebackup_business_physicalserver_tasklist?version=7