FAN速度モードについてですが、冷却モード、低ノイズモードなど色々と選べるようですが、低ノイズモードのままで問題ありませんでしょうか？また、HDDのことを考えると、冷却モードにしておくとかの注意事項などはありますか？

夏場は冷却モードのほうが良いかと思いますが、冷房がついてる環境であれば低ノイズモードのままでも問題ありません。逆に冬場は、暖房がついてる環境の場合は、低ノイズモードの温度超過にご注意下さい。温度超過でシャットダウンなどかかった場合は全速モードか冷却モードにする必要があります。